(1) مجموعة الكتاب المقدس:

العهد القديم

العهد الجديد

جغرافية الكتاب المقدس

(2) العلوم اللاهوتية:

اللاهوت النظرى

اللاهوت العقيدى

اللاهوت المقارن (أ)

اللاهوت المقارن (ب)

اللاهوت الطقسى واللوترجيات

التقاويم وحساب الأبقطى

اللاهوت الروحى

اللاهوت الرعوى

المسكونيات (الحوارات المسكونية)

(3) العلوم والفنون الكنسية:

أقوال الآباء

تاريخ الكنيسة

الأحوال الشخصية

القداس والألحان

الخورس والتسبحة

(4) العلوم الفلسفية والتربوية:

التربية (الخدمة) العملية

العلم والكتاب المقدس

(5) اللغات وآدابـها:

اللغة اليونانية

اللغة الإنجليزية

اللغة القبطية

اللغة العربية

(6) علوم أخرى:

قوانين الكنيسة

علم وعظ

دين مقارن.

+ كتب ومذكرات خاصة بالكلية الإكليريكية.

• الأنبا يؤنس أسقف الغربية المتنيح:
• الكنيسة المسيحية فى عصر الرسل. الطبعة الرابعة ابريل 1999. رقم الإيداع4839/1970 م.
• الأنبا غريغوريوس أسقف عام للدراسات العليا اللاهوتية والثقافة القبطية والبحث العلمى المتنيح:
• موسوعة الأنبا غريغوريوس: 2. اللاهوت الأدبى. إعداد الإكليريكى منير عطية. رقم الإيداع 15312/2003.
• الأنبا باخوميوس مطران البحيرة ومطروح والخمس مدن الغربية:
• أرثوذكسية التدبير الإدارى فى الكنيسة القبطية. الطبعة الأولى 2002 م.
• الأنبا بولا أسقف طنطا وتوابعها:
• الكتاب المقدس والعلم: أيام الخليقة. رقم الإيداع 18855/2004
• الأنبا متاؤوس رئيس دير السريان العامر:
• روحانية طقس القداس فى الكنيسة القبطية الأرثوذكسية. الطبعة الخامسة 16 نوفمبر 1997.
• القمص بولس عبد المسيح مدرس القوانين الكنسية بالكلية الإكليريكية بطنطا وشبين الكوم:
• القوانين الكنسية فى إطار الموضوعية (الجزء الثانى). الطبعة الثانية رقم الإيداع 3814/1985
• القوانين الكنسية فى إطار الموضوعية (الجزء الثالث). مراجعة نيافة الأنبا بنيامين أسقف المنوفية. الطبعة الثانية. رقم الإيداع 4328/1986.
• القمص صليب سوريال:
• دراسات فى قوانين الأحوال الشخصية لعقدى الخطبة والزواج وبطلانه وفسخه. الطبعة الأولى ابريل 1990، الثانية 1995، الثالثة نوفمبر 2004  
• القمص ميخائبل فهمى:
• جغرافية الكتاب المقدس (الجزء الأول) جغرافية العهد القديم. الطبعة الثانية مايو 2003.
• جغرافية الكتاب المقدس (الجزء الثانى) جغرافية العهد الجديد. الأولى 2002.
• القمص سيداروس عبد المسيح مدرس علم الوعظ النظرى والعملى:
• دراسات فى علم الوعظ. العظة والواعظ وعلم الوعظ. الطبعة الأولى 1998 م.
• القمص موسى واصف كاهن كاتدرائية مار جرجس بطنطا:
• لاهوت المسيح (ضد الآريوسية) الطبعة الأولى ابريل 2004 م.
• الدكتور موريس تواضروس أستاذ العهد الجديد بالكلية الإكليريكية:
• اللغة اليونانية للعهد الجديد. تقديم نيافة الأنبا بيشوى. طبعة ثالثة. الطبعة الثانية يناير 2005. رقم الإيداع للطبعة الأولى 4562/1982
• المدلولات اللاهوتية والروحية فى الكتاب المقدس بحسب إنجيل متى. طبعة ثانية مزيدة. رقم الإيداع 3791/1999.
• . طبعة ثانية مزيدة. رقم الإيداع 3791/1999.
• دراسات تفسيرية فى الإنجيل. الجزء الأول. رقم الإيداع 14673/99.
• الروح القدس فى رسائل القديس بولس الرسول. الطبعة الرابعة مزيدة بأقوال الآباء. طبعة ثانية مزيدة تحت رقم إيداع 11311/2002
• المدخل إلى العهد الجديد (د. موريس أستاذ علم لاهوت العهد الجديد بالكلية الإكليريكية بالقاهرة). الطبعة الرابعة رقم الإيداع 14592/2002.
• دراسات لاهوتية ولغوية فى كتاب العهد الجديد (الجزء الأول). رقم الإيداع . 2003/1995 . بتاريخ 30/11/1995.
• دراسات لاهوتية ولغوية فى كتاب العهد الجديد (الجزء الثانى). طبعة ثانية مزيدة تحت رقم إيداع 11311/2002.
• مشكلة الإختيار. الطبعة الرابعة ديسمبر 2005.
• الملائكة. الثانية 1995 م.
• أ. د. رسمى عبد الملك رستم عميد شعبة التخطيط التربوى بالمركز القومى:  
• مدخل إلى … التربية وعلم النفس (وجهة نظر مسيحية)
• كيف يصبح طفلك اجتماعياُ. رقم الإيداع 7639/1989
• الدكتور/ جوزيف موريس فلتس:
• آباء الكنيسة وكتاباتهم (1)
• مقدمة فى علم الآباء والعقيدة (2)
• الآباء الرسوليين: التعريف بهم، ملامح عصرهم، أهم شخصياتهم.
• الأستاذ: أمير نصر:
• الكنيسة … تواجه الوثنية. الأولى 1991 م. سلسلة أعرف تاريخ كنيستك.
• الكنيسة تواجه الهراطقة. رقم الإيداع 5356/2004.
• القديس مار مرقس الرسول وكنيسة الإسكندرية. مراجعة نيافة الأنبا إيسوذورس أسقف ورئيس دير البراموس. 2004.
• الشماس الدكتور/ رشدى واصف بـهنام دوس مدرس بالكلية الإكليريكية بالقاهرة: التقويم وحساب الأبقطى. 2017 م.
• مؤسسة القديس أنطونيوس. المركز الأرثوذكسى للدراسات الآبائية بالقاهرة:

           – شرح إنجيل يوحنا (الجزء الخامس) للقديس كيرلس الإسكندرى. الإصحاحان التاسع والعاشر. نصوص آبائية – 69 – أيمن نصحى. ديسمبر 2003 م.

          – تجسد الكلمة للقديس البابا اثناسيوس الرسولى بطريرك الإسكندرية العشرون. نصوص آبائية – 83 – طبعة ثالثة نوفمير 2004 م. ترجمة عن اليونانية وتعليقات دكتور جوزيف موريس فلتس.

         – كتاب الكرازة الرسولية للقديس إيرينوس (مع دراسة عن حياته وتعليمه). رقم الإيداع 15116 لسنة 2005 م.